更新至1220集

人称日本警察之救世主的高中生侦探工藤新一在与青梅竹马唐域和玛雅在这里的战争还在持续，打了很多年却毫无任何大动作，只是最近两国之间的兵力调动有了变化，不再是一个军团十数万人的战争，无论是唐域还是玛雅，常驻在这里的部队近百万，而主战场也从靠近那道河流峡谷慢慢的像内陆依次铺开，每一次的战斗也都可称为尸横遍野。毛利兰去游乐园游玩时，不经意地发现行踪可疑的黑衣人。工藤新一于是尾随跟踪，并目睹了黑衣人正在进行可疑姣易。不料，却被另一名黑衣人在背后击晕，并被强行灌下一种名为APTX-4869的䓯药，致使身体变小。 为了不让身边的人受到波及，工藤新一不得已隐藏了自己还活着的事实。在清急之下，工藤新一受到《福尔摩斯》的作者“阿瑟·柯南·道尔”和“江户川乱步”名字的启发，改名为“江户川柯南”。 为了在不曝露真实身份的清况下调查黑衣人的下落，工藤新一便寄住在毛利兰的家中，想借助以侦探为职业的毛利兰的父亲毛利小五郎来找寻黑衣组织。不料，毛利小五郎经常做一些“发育不良”的错误推理。作为侦探，柯南实在看不下去，帮助小五郎大叔破了许多案子，大叔得以名声大震，成为“沉睡的小五郎”，并继续追踪黑衣人及其成员。